Sejarah Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya berawal dari Perguruan Tinggi Jurusan Perikanan Laut yang didirikan pada tanggal 28 Oktober 1962 oleh Yayasan Pendidikan Probolinggo. Sejak 25 Mei 1963, melalui Surat Keputusan Menteri PTIP No. 163 Tahun 1963, Perguruan Tinggi Jurusan Perikanan Laut tersebut menjadi salah satu Jurusan pada Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) Universitas Brawijaya yang berkedudukan di Malang. Sedangkan Jurusan Perikanan Laut masih tetap berkedudukan di Probolinggo.

Pada akhir tahun 1970, FKHP Universitas Brawijaya mempunyai jurusan baru yaitu Jurusan Kedokteran Hewan yang berkedudukan di Surabaya. Dengan demikian FKHP Universitas Brawijaya memiliki tiga jurusan yaitu Peternakan, Perikanan Laut dan Kedokteran Hewan. Kemudian pada bulan Agustus 1972, Jurusan Kedokteran Hewan menggabungkan diri dengan Universitas Airlangga di Surabaya, sedangkan Jurusan Perikanan Laut berubah menjadi Jurusan Perikanan. Guna memudahkan pengelolaan dan pengembangannya, maka sejak tahun 1972 itu pula Jurusan Perikanan secara bertahap dipindahkan ke Malang.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0220/0/1973, sejak tanggal 1 Januari 1973 FKHP dirubah menjadi Fakultas Peternakan (FAPET) yang berdasarkan Surat Keputusan Rektor No. 51/SK/1977 memiliki dua jurusan yaitu : Peternakan dan Perikanan. Sejak tanggal 5 Juli 1977, Fakultas Peternakan diubah menjadi Fakultas Peternakan dan Perikanan.

Perkembangan selanjutnya berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 27 tahun 1982 dan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 59 tahun 1982 tentang Susunan Organisasi Universitas Brawijaya, maka Fakultas Peternakan dan Perikanan menjadi dua Fakultas, yaitu:

• Fakultas Peternakan
• Fakultas Perikanan

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0174/0/1983 tentang Penataan Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas/Institut Negeri dan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 118/Dikti/1984 tentang jenis dan jumlah Program Studi di setiap Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas Brawijaya, maka Fakultas Perikanan ditetapkan memiliki satu jurusan yaitu : Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan dengan membawahi tiga Program Studi yaitu :

• Program Studi Manajemen Sumberdaya Perikanan (MSP)
• Program Studi Pengolahan Hasil Perikanan (PHP)
• Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan (SEP)

Sedang dua program studi lainnya yaitu Program Studi Budidaya Perairan (BP) dan Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP) (MPI ??) diselenggarakan sambil menunggu pengesahannya. Pada tahun 1995 Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya mendirikan Program Diploma (D-IIl) Agribisnis Perikanan. Kemudian pada tahun 1996 berdiri lagi Program Diploma (D-III) Nautika, tetapi sejak tahun 1999 tidak menerima mahasiswa. Seiring dengan meningkatnya kebutuhan tenaga ahli madya di bidang perikanan dan kelautan, maka pada tahun 2009 Program Pendidikan Ahli Madya (D-III) dibuka kembali. Pada tahun akademik 2009/2010 Program Pendidikan Ahli Madya (D-III) mulai menerima mahasiswa baru yang tergabung dalam Program Vokasi Universitas  Brawijaya

Sejak Tanggal 7 Juli 1996 Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya ditetapkan memiliki satu jurusan dan lima program studi melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No. 251/DIKTUKEP/1996, yaitu sebagai berikut:

Jurusan              :   Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP) Program Studi  :

1. Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP)
2. Teknologi Hasil Perikanan (THP)
3. Sosial Ekonomi Perikanan (SEP)
4. Budidaya Perairan (BP)
5. Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP)

Pada tahun 2001, dengan Surat Keputusan Departemen Pendidikan Nasional, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 2534/D/T/2001 tertanggal 2 Agustus 2001, Fakultas Perikanan Mendapat ijin untuk menyelenggarakan program pendidikan Strata 2 (S-2) dengan nama Program Studi Budidaya Perairan.

Pada perkembangan selanjutnya, berdasarkan Surat Direktur Pasca Sarjana Universitas Brawijaya No. 692/SK/2006 tentang Petunjuk Pelaksanaan Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya dan Surat keputusan Rektor Universitas Brawijaya No. 692/SK/2006 tentang Penyelenggaraan Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya dialihkan ke Fakultas, mulai tahun akademik 2006/2007 penyelenggaraan Program Magister Budidaya Perairan ditangani oleh Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya.

Badan Akreditasi Nasional (BAN) secara berkelanjutan telah menilai dan mengakreditasi program – program studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Hasil akreditasi BAN adalah sebagai berikut :      

Seiring dengan meningkatnya kebutuhan untuk menghasilkan lulusan yang profesional dalam menerapkan prinsip eksplorasi, eksploitasi dan manajemen sumberdaya perikanan dan kelautan, maka sejak tanggal 2 Oktober 2006 dibentuklah Jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan (PSPK). Pembentukan Jurusan PSPK ini berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 226/D/O/2006. Dengan dibentuknya jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan (PSPK) dan program studi Ilmu Kelautan serta berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Brawijaya Malang No. 041/SK/2008, maka Fakultas Perikanan dirubah namanya menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK).

Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 942/D/T/2008 tanggal 31 Maret 2008 dan Surat keputusan Rektor Universitas Brawijaya No. 092/SK/2008 tanggal 10 April 2008, dibentuklah Jurusan Sosial Ekonomi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya. Dengan terbentuknya jurusan baru ini maka Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan memiliki 3 (tiga) jurusan yaitu :

1. Jurusan            :   Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP)

Program Studi    :

1. Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP)
2. Teknologi Hasil Perikanan (THP)
3. Budidaya Perairan (BP)

2. Jurusan            :    Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan (PSPK)

Program Studi    :

1. Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP)
2. Ilmu Kelautan

3. Jurusan            :    Sosial Ekonomi Perikanan dan Kelautan

Program Studi    :    Sosial Ekonomi Perikanan (Agrobisnis Perikanan)

Dengan Surat Keputusan Rektor Universitas Brawijaya tanggal 27 Februari 2006 nomor: 30/SK/2006 secara berangsur-angsur pengelolaan Pasca Sarjana Universitas Brawijaya kembali ke Fakultas masing-masing sesuai dengan bidang studinya.

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya mulai membuka pendaftaran mahasiswa baru Program Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan pada Semester ganjil tahun 2008/2009 dengan surat ijin Rektor Universitas Brawijaya tanggal 22 April 2008 nomor 1357/J10/AK/2008 dan diperkuat Surat Dirjen Dikti Depdiknas nomor : 69/D/T/2009 tanggal 2 Januari 2009 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Baru Universitas Brawijaya.

Program Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya  membuka minat Studi :

1. Budidaya Perairan Tropis
2. Teknologi Kelautan
3. Teknologi Hasil Perikanan
4. Manajemen Sumberdaya Perairan
5. Bioteknologi Perikanan dan Kelautan
6. Pengelolaan Pesisir dan Kelautan
7. Ekonomi Sumberdaya Perikanan  dan Kelautan
8. Teknologi dan Manajemen Perikanan Tangkap

Dekan Fakultas Perikanan dan setelah menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya adalah:

1. Ir. Lidwina Sutini (1983-1986)
2. Ir. H. M. Roedhi HM, MS (1986-1989)
3. Ir. H. M. Roedhi HM, MS (1989-1992)
4. Ir. H. Sahri Muhammad, MS (1992-1995)
5. Ir. H. Sahri Muhammad, MS (1995-1998)
6. Ir. H. Murachman, MSi (1998-2001)
7. Ir. H. Murachman, MSi (2001-2005)
8. Ir. Sukoso, M.Sc, PhD (2005-2009)
9. Prof. Dr.Ir. Eddy Suprayitno, MS (2009-2013)
10. Prof.Dr.Ir. Diana Arfiati, MS (2013-2017)
11. Dr. Ir. Happy Nursyam, MS (2017)

Untuk meningkatkan mutu, relevansi, efisiensi dan memenuhi tuntutan paradigma baru pengelolaan perguruan tinggi yang mengutamakan perbaikan mutu secara berkelanjutan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya membentuk Gugus Jaminan Mutu yang merupakan bagian dari Pusat Penjaminan Mutu Universitas Brawijaya.