Badan Akreditasi Nasional (BAN) secara berkelanjutan telah menilai dan mengakreditasi program – program studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Hasil akreditasi BAN -PT adalah sebagai berikut :

No.Nama Program StudiTingkatPeriodePeriode
1Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP)S1Akreditasi B - 2751/BAN-PT/Akred/S/XI/2016 (24 November 2012 - 24 November 2021)
2Budidaya Perairan (BP)S1Akreditasi A - 3744/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2017 (10 Oktober 2017 - 10 Oktober 2022)Akreditasi A
SK BAN-PT: 3744/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2017
3Teknologi Hasil Perikanan (THP)S1Akreditasi A - 091/SK/BAN-PT/AK-XV/S/II/2013 (21 Februari 2013 - 21 Februari 2018)Akreditasi A
SK BAN-PT:
No.1107/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2018
4Agrobisnis Perikanan (AP)S1 Akreditasi B - 157/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/VII/2013 (20 Juli 2013 - 20 Juli 2018)Terakreditasi A - 865/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2018 (27 Maret 2018 - 27 Maret 2023)
5Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP)S1Akreditasi A - 091/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/II/2013 (21 Februri 2013 - 21 Februari 2018)Akreditasi A
SK BAN-PT:
No. 866/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2018
6Ilmu Kelautan (IK)S1Akreditasi B - 151/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/VI/2013 (29 juni 2013 - 29 Juni 2018)Akreditasi A:
SK BAN-PT:
No.1527/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2018
7Magister Budidaya PerairanS2Akreditasi A - 006/SK/BAN-PT/Ak-XV/M/I/2013 (4 Januari 2013 - 4 Januari 2018)Akreditasi A:
SK BAN-PT: No.1132/SK/BAN-PT/Akred/M/IV/2018
8Program Doktor Ilmu Perikanan dan KelautanS3Akreditasi B - 013/SK/BAN-PT/Ak-X/D/I/2013 (10 Januari 2013 - 10 Januari 2018)