Merupakan perangkat penunjang pelaksanaan pendidikan di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Laboratorium mempunyai tugas melakukan kegiatan dalam cabang ilmu pengetahuan dan teknologi sebagai penunjang pelaksanaan tugas pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Laboratorium terdiri atas:
a. Laboratorium Hidrobiologi;
b. Laboratorium Budidaya Ikan;
c. Laboratorium Ilmu Teknologi Hasil Perairan;
d. Laboratorium Perikanan Air Tawar Sumber Pasir;
e. Laboratorium Air Payau dan Laut Probolinggo;
f. Laboratorium Marine Station Sendang Biru;
g. Laboratorium Agribisnis Perikanan Ngijo;
h. Laboratorium Eksplorasi Sumberdaya Perikanan dan Kelautan;
i. Laboratorium Eksploitasi Sumberdaya Perikanan dan Kelautan;
j. Laboratorium Sosial Ekonomi Perikanan.

Setiap laboratorium dipimpin oleh seorang dosen atau tenaga fungsional lainnya yang keahliannya telah memenuhi persyaratan sesuai dengan keilmuan perikanan dan kelautan yang diatur lebih lanjut dalam Peraturan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Pimpinan laboratorium bertanggung jawab kepada Dekan serta diangkat dan diberhentikan oleh Rektor.

Melaksanakan koordinasi, pelaksanaan, pemantauan, dan evaluasi kegiatan penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama Fakultas. Organisasi BPPM terdiri dari seorang ketua, seorang sekretaris, ketua bidang, dan kelompok kajian/ pengabdian/ kerja sama. Ketua, Sekretaris, dan ketua bidang diangkat dan diberhentikan  oleh Dekan untuk masa jabatan 4 (empat) tahun.

Ketua BPPM bertanggung jawab kepada Dekan. Kelompok kajian/pengabdian/kerja sama meliputi kelompok kajian/pengabdian/kerja sama yang pembentukannya ditetapkan dengan Peraturan Dekan dan struktur kepengurusannya ditetapkan dengan Keputusan Dekan, dipimpin oleh seorang Ketua yang bertanggung jawab kepada Dekan melalui Ketua BPPM. Ketua kelompok kajian/pengabdian/kerja sama
menjabat untuk periode 1 (satu) tahun dan hanya dapat diperpanjang untuk satu kali masa jabatan. BPPM mempunyai fungsi:
a. peningkatan kualitas dan kuantitas penelitian, karya ilmiah, pengabdian masyarakat, dan kerja sama berskala nasional dan internasional;
b. penyusunan rencana, program, dan anggaran BPPM;
c. pelaksanaan penelitian ilmiah, pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama Fakultas;
d. koordinasi pelaksanaan kegiatan penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama;
e. pelaksanaan publikasi hasil penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama;
f. pelaksanaan kerja sama di bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dengan perguruan tinggi dan/atau institusi lain baik di dalam negeri maupun di luar negeri;
g. pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kegiatan penelitian,pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama Fakultas; dan
h. pelaporan secara periodik kepada Dekan.

PSIK Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan adalah pengelola sistem informasi, infrastruktur teknologi informasi di tingkat Fakultas, dipimpin oleh seorang Koordinator yang diangkat dan bertanggung jawab kepada Dekan.  PSIK Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan mempunyai tugas:
a. publikasi dan kehumasan, meliputi:
1. merencanakan dan mendesain publikasi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan;
2. mengelola laman resmi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dalam bahasa Indonesia dan Inggris;
3. memperbarui data dan informasi tentang kegiatan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan;
4. memberi bantuan terhadap publikasi daring bagi dosen dan staf;
5. berkoordinasi dengan Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi UB.
b. pendataan dan sistem informasi, meliputi:
1. membantu dan memberikan dukungan bagi unit lain di internal Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan yang memerlukan pendampingan teknologi informasi;
2. mengelola arsip digital Fakultas;
3. bersama-sama dengan UPT TIK memberikan sosialisasi layanan teknologi informasi dan komunikasi UB;
4. berkoordinasi dengan unit lain di internal Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan untuk mempersiapkan pelaporan data ditingkat UB; dan bersama-sama dengan UPT TIK memberikan pelatihan teknologi informasi
secara periodik terhadap sumber daya manusia UB, baik dosen, tenaga kependidikan, maupun mahasiswa.
c. infrastruktur, meliputi:
1. mengelola infrastruktur teknologi informasi dan komunikasi Fakultas  Perikanan dan Ilmu Kelautan dengan mengikuti standar pengelolaan dan kebijakan mutu infrastruktur teknologi informasi dan komunikasi UB;
2. menjamin ketersediaan akses layanan teknologi informasi bagi sivitas akademika UB;
3. mengoordinasikan kegiatan pengembangan dan penerapan layanan teknologi informasi dengan UPT TIK;
4. mengoordinasikan pelaksanaan perawatan infrastruktur dan dukungan teknis dengan UPT TIK;
5. menyusun dokumentasi infrastruktur dan layanan teknologi informasi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan;
6. melaksanakan monitoring dan evaluasi terhadap implementasi teknologi informasi; dan
7. menyusun dan menyampaikan laporan berkala bidang pengembangan dan penerapan teknologi informasi kepada UPT TIK.
d. penanganan keluhan, meliputi:
1. menyediakan email khusus keluhan menggunakan email resmi UB;
2. memeriksa email khusus keluhan setiap saat dan menyampaikan keluhan tersebut kepada atasan untuk ditindaklanjuti;
3. mengirim tanggapan atau rencana perbaikan keluhan ke Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi;
4. mencantumkan penyebab/akar masalah, rencana solusi, dan waktu penyelesaian pada setiap tanggapan atau rencana perbaikan keluhan; dan melakukan dokumentasi keluhan.

Unsur pelaksana teknis dalam bidang penerbitan jurnal dan publikasi karya ilmiah dosen dan mahasiswa. BPJ bertanggung jawab kepada
Dekan. Ketentuan lebih lanjut mengenai susunan organisasi BPJ diatur dalam Peraturan Fakultas. BPJ mempunyai tugas:
a. menyelenggarakan pendidikan dan pelatihan penyusunan publikasi ilmiah;
b. menghimpun dan menyeleksi karya ilmiah dosen dan mahasiswa untuk  kepentingan publikasi;
c. melakukan penerbitan secara berkala karya ilmiah dosen dan mahasiswa dalam bentuk jurnal dan publikasi lain; dan
d. memberikan laporan secara periodik kepada Dekan.

Unit yang membantu Dekan dalam pelaksanaan penjaminan mutu akademik di tingkat Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. GJM terdiri dari 5 (lima) orang, meliputi seorang ketua, seorang sekretaris, dan 3 (tiga) orang anggota. Ketua, Sekretaris, dan anggota GJM diangkat dan diberhentikan oleh Rektor untuk masa jabatan 4 (empat) tahun serta bertanggung jawab kepada Dekan. GJM mempunyai tugas:
a. menjabarkan baku mutu pendidikan ke dalam dokumen-dokumen mutu akademik di Fakultas;
b. memonitor implementasi penjaminan mutu akademik di Fakultas;
c. mengevaluasi penjaminan mutu akademik di Fakultas; dan menyampaikan laporan pelaksanaan penjaminan mutu akademik di Fakultas secara periodik kepada Dekan.

Unit yang membantu Dekan dalam pelaksanaan penjaminan mutu akademik di tingkat Jurusan. UJM terdiri dari 5 (lima) orang, meliputi seorang ketua, seorang sekretaris, dan 3 (tiga) orang anggota. Ketua, Sekretaris, dan anggota UJM diangkat dan diberhentikan oleh Dekan untuk masa jabatan 4(empat) tahun dan bertanggung jawab kepada Ketua Jurusan. UJM mempunyai tugas:
a. menjabarkan baku mutu pendidikan ke dalam dokumen-dokumen mutu akademik di Jurusan;
b. memonitor implementasi penjaminan mutu akademik di Jurusan;
c. mengevaluasi penjaminan mutu akademik di Jurusan; dan
d. menyampaikan laporan pelaksanaan penjaminan mutu akademik di Jurusan secara periodik kepada Ketua Jurusan.